El programa de Doctorado en Ciencias de los Alimentos y Biotecnología es un posgrado con orientación a la investigación, el cual se centra en el desarrollo de trabajos de investigación originales relacionados con las líneas de generación y aplicación del conocimiento de: Alimentos, Biotecnología enzimática y microbiana y Biotecnología y recursos naturales. Su proceso formativo conlleva una estrecha relación personalizada entre el estudiante y el profesor-investigador, quien lo dirige en el desarrollo de la tesis junto con el comité tutorial correspondiente, para detectar y analizar problemas de relevancia en procesos productivos, plantear alternativas de solución, evaluar y decidir la opción más adecuada para llevarla a la práctica.